Sinossi:
Micheal Thorton era un agente della CIA che viene tradito dai suoi superiori e viene esplulso dal governo degli Stati Uniti. Micheal a questo punto si vendica utilizzando "Alpha Protocol", anche se è normalmente riservato ai più alti agenti, e cosi inizia ad operare sotto copertura, e a scoprire il complotto.

Per quanto riguarda il gameplay potremo decidere se agire in stile Rambo, facendoci largo fra i nemici a suon di proiettili, oppure optare per un atteggiamento più oculato, restando nell'ombra e colpendo al momento opportuno.gioco sarà ambientato ai giorni nostri. Saranno inoltre presenti numerosi strumenti high-tech.